Der Watzmanngletscher liegt unterhalb der berühmten Watzmann-Ostwand im nordostexponierten Watzmannkar, das von Watzmanngrat, den Watzmannkindern und dem Kleinen Watzmann eingerahmt wird.
Er erreicht seine neuzeitlichen Maximalausdehnungen von rund 30 ha um 1820 und erneut 1856 und 1888. Die starken Massenverluste in den 1940er Jahren führten dazu, dass der Gletscher in einzelne Firnflecken zerfiel und deshalb bein der ersten geodätischen Aufnahme von 1949/50 nicht berücksichtigt wurde. Der Vorstoß von 1965-1980 fiel aber von allen bayerischen Gletschern hier am stärksten aus und führte zu einer starken Flächenzunahme. Die geodätische Aufnahme beginnt erst mit dem Bildflug im Jahre 1959.